Spark-Tech Diagnostyka
Specyfikacja Badania SPARKbiom
Badanie SPARKbiom polega na analizie materiału biologicznego, z zastosowaniem najnowszej metody sekwencjonowania DNA III generacji (long-read), przy użyciu platformy Oxford Nanopore Technologies oraz najnowszej dostępnej obecnie wersji odczynników.
Rozpoznajemy ponad 120 000 gatunków bakterii i 100 000 gatunków organizmów eukariotycznych.
01 — Metoda i zakres
Metoda i zakres badania
Badanie SPARKbiom to kompleksowa analiza składu mikrobiologicznego próbki z wykorzystaniem najnowocześniejszej technologii sekwencjonowania III generacji (Oxford Nanopore, chemia Q14). Nasza autorska metodologia pozwala na dokładną identyfikację bakterii, grzybów oraz pasożytów, obejmując pełne regiony zmienne genów 16S rRNA i wybrane markery eukariotyczne.
02 — Technologia
Unikalne cechy usługi SPARKbiom
Technologie opracowane przez Spark-Tech, dostępne wyłącznie w ramach usługi SPARKbiom.
Sondy molekularne Spark-Tech
Zestaw autorskich primerów, zweryfikowany pod względem komplementarności (min. 95% dopasowania). Umożliwia amplifikację ponad 120 000 gatunków bakterii i 100 000 gatunków organizmów eukariotycznych. Primery objęte są zgłoszeniem patentowym przez Spark-Tech sp. z o.o.
Referencyjna baza danych — ponad 1,2 mln sekwencji
Baza danych zbudowana przez Spark-Tech na podstawie renomowanych repozytoriów NCBI nucleotide, z możliwością dodania dodatkowych sekwencji referencyjnych. Baza zawiera znormalizowaną klasyfikację taksonomiczną.
Najszerszy na rynku panel detekcji
Amplikonowe sekwencjonowanie III generacji, obejmujące bakterie, grzyby i pasożyty, umożliwia niezwykle dokładne określenie składu procentowego poszczególnych organizmów żywych w próbce.
Algorytm identyfikacji taksonomicznej Spark-Tech
Algorytmy opracowane przez Spark-Tech przyporządkowują zsekwencjonowane DNA do poszczególnych gatunków mikroorganizmów, wykorzystując bazę 1,2 miliona sekwencji referencyjnych. Algorytm dostarcza wyniki tożsame z wynikami serwisu BLAST NCBI.
03 — Szczegóły metody
Szczegóły metody SPARKbiom
Amplifikacja PCR całych fragmentów genów różnicujących poszczególne mikroorganizmy (16S, 18S rRNA) odbywa się z użyciem autorskich uniwersalnych primerów opracowanych przez Spark-Tech (technologia sond molekularnych Spark-Tech).
Sekwencjonowanie metodą III generacji (long-reads) wykorzystuje najnowszą dostępną wersję odczynników (Q14 chemistry) i oprogramowania od Oxford Nanopore Technologies. Ilościowa identyfikacja składu gatunkowego bakterii, grzybów oraz pasożytów odbywa się w oparciu o technologię Spark-Tech, równoważną z algorytmem BLAST NCBI.
Parametry dopasowania
Stosowana metoda analizy pozwala ustalać następujące parametry:
— Dla całej sekwencji w oparciu o Q-score (standardowo powyżej 15 Q-score)
— Dla pojedynczych nukleotydów w sekwencji (standardowo powyżej 5 Q-score)
— Na podstawie procentowej identyczności ze wzorcową sekwencją (standardowo 95%)
Dopasowanie wykorzystuje pełny algorytm BLAST, który jest dokładniejszy od standardowo stosowanych uproszczonych algorytmów uBLAST i Centrifuge. Opis zastosowanej metodologii sekwencjonowania w języku polskim lub angielskim jest dostępny do celów publikacji naukowych.
04 — Raporty
Raporty z badania SPARKbiom
W zależności od wykupionego pakietu, wynik badania obejmuje jeden lub więcej z poniższych raportów.
RAPORT 01
Raport taksonomiczny
Identyfikacja składu mikrobiologicznego próbki
Pełna analiza taksonomiczna mikrobiomu z identyfikacją bakterii, grzybów i pasożytów na poziomie gatunku. Raport obejmuje skład procentowy mikrobioty, indeks dysbiozy, wskaźniki różnorodności oraz oznaczenie organizmów potencjalnie patogennych.
RAPORT ZAWIERA:
● Graficzną prezentację składu mikrobioty
● Szczegółową analizę poszczególnych mikroorganizmów
● Ocenę stanu dysbiozy i jej stopnia
● Oznaczenie organizmów potencjalnie patogennych
● Dane w formacie CSV/XLSX oraz raport graficzny PDF
RAPORT 02
Analiza funkcjonalna mikrobiomu
12 koszyków funkcjonalnych — algorytm PICRUSt2
Analiza funkcjonalna wykracza poza identyfikację gatunków — pokazuje, co mikrobiom potencjalnie robi. Na podstawie algorytmu PICRUSt2 oceniane jest 12 koszyków klinicznych, a wyniki porównywane z kohortą 500+ osób.
12 KOSZYKÓW FUNKCJONALNYCH:
01. Fermentacja węglowodanów i SCFA — szlaki produkcji maślanu, propionianu, octanu; równowaga mleczanowa.
02. Witaminy z grupy B — bilans syntezy i wchłaniania B12, produkcja folianów, proxy interakcji lekowych.
03. Węglowodany i bariera jelitowa — błonnik, degradacja mucyny, kontekst Akkermansia.
04. Kwasy żółciowe i estrobolom — funkcja BSH, aktywność operonu bai, modulacja HSDH.
05. Szczawiany — ryzyko kamicy nerkowej — degradacja typu I i II, indeks Oxalobacter.
06. Cholina i TMA-O — ryzyko CVD — produkcja TMA (CutC/CntAB), amplifikacja TMAO.
07. Oś mikrobiom–mitochondria — tarcza antyoksydacyjna, obciążenie toksynami, wsparcie NAD.
08. Metabolizm siarki i toksyczność H₂S — reduktaza siarczynowa, detoksykacja Sox.
09. Struktury zapalne, LPS i biofilm — biosynteza lipidu A, immunogenność TLR4, markery E. coli.
10. Psychobiotyki i neuromodulatory — produkcja GABA, bifurkacja tryptofan-kinurenina, dopamina.
11. Metabolizm białek i azotu — oś ureaza/amoniak, aminy biogenne, toksyny uremiczne.
12. Metanogeneza z MetaIndex — szlaki hydrogenotroficzne i metylotroficzne, złoty standard MCR.
RAPORT 03
Przegląd Medyczny Mikrobiomu
Zalecenia kliniczno-dietetyczne oparte na AI
Przegląd Medyczny Mikrobiomu przekształca wynik badania SPARKbiom w dokument lekarskiej klasy. Na podstawie pełnych danych taksonomicznych i analizy funkcjonalnej PICRUSt2, lekarz — wspierany przez wieloetapowy system AI — opracowuje raport łączący profil mikrobiomu z kontekstem klinicznym pacjenta.
RAPORT ZAWIERA:
● Indywidualne rekomendacje probiotykoterapii
● Spersonalizowane zalecenia dietetyczne rozpisane na etapy
● Propozycje suplementacji
● Listę rekomendowanych badań kierunkowych
● Kontekst kliniczny uwzględniający leki, rozpoznania i wywiad
English 
Polish