ACGTTGCAAGTCCGATTGACCAGTTCAGGATCGAACGTTGCAAGTCCGATTGACCAGTTCAGGATCGAACGTTGCAAGTCCGATTGACCAGTTCAGGATCGAACGTTGCAAGTCCGATTGACCAGTTCAGGATCGA
TGCAACGGTTACGCATGGCATCGGATCCAATGCAACGGTTACGCATGGCATCGGATCCAATGCAACGGTTACGCATGGCATCGGATCCAATGCAACGGTTACGCATGGCATCGGATCCAA
GGATCCGTAACGTTAGCCATGACTGGATCCGTAACGTTAGCCATGACTGGATCCGTAACGTTAGCCATGGATCCGTAACGTTAGCCATGACTGGATCCGTAACGTTAGCCATGACTGGATCCGTAACGTTAGCCAT
CATGGCATTGACCGTAACGGTTCAGCATGGCATTGACCGTAACGGTTCAGCATGGCATTGACCGTAACATGGCATTGACCGTAACGGTTCAGCATGGCATTGACCGTAACGGTTCAGCATGGCATTGACCGTAA
GCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTAGCTA
ACGTTGCAAGTCCGATTGACCAGTTCAGGATCGAACGTTGCAAGTCCGTGCAACGGTTACGCATGGCATCGGATCCAATGCAACGGTTACGCATGGACGTTGCAAGTCCGATTGACCAGTTCAGGATCGAACGTTGCAAGTCCGTGCAACGGTTACGCATGGCATCGGATCCAATGCAACGGTTACGCATGG
Spark-Tech Diagnostyka

Specyfikacja Badania SPARKbiom

Badanie SPARKbiom polega na analizie materiału biologicznego, z zastosowaniem najnowszej metody sekwencjonowania DNA III generacji (long-read), przy użyciu platformy Oxford Nanopore Technologies oraz najnowszej dostępnej obecnie wersji odczynników.

Rozpoznajemy ponad 120 000 gatunków bakterii i 100 000 gatunków organizmów eukariotycznych.

Przykładowe raporty

Materiały dodatkowe

Przypadki kliniczne

I. Badanie

Metoda i zakres badania

Badanie SPARKbiom to kompleksowa analiza składu mikrobiologicznego próbki z wykorzystaniem najnowocześniejszej technologii sekwencjonowania III generacji (Oxford Nanopore, chemia Q14). Nasza autorska metodologia pozwala na dokładną identyfikację bakterii, grzybów oraz pasożytów, obejmując pełne regiony zmienne genów 16S rRNA i wybrane markery eukariotyczne.

II. Technologia

Unikalne cechy usługi SPARKbiom

Technologie opracowane przez Spark-Tech, dostępne wyłącznie w ramach usługi SPARKbiom.

Sondy molekularne Spark-Tech

Zestaw autorskich primerów, zweryfikowany pod względem komplementarności (min. 95% dopasowania). Umożliwia amplifikację ponad 120 000 gatunków bakterii i 100 000 gatunków organizmów eukariotycznych. Primery objęte są zgłoszeniem patentowym przez Spark-Tech sp. z o.o.

Referencyjna baza danych — ponad 1,2 mln sekwencji

Baza danych zbudowana przez Spark-Tech na podstawie renomowanych repozytoriów NCBI nucleotide, z możliwością dodania dodatkowych sekwencji referencyjnych. Baza zawiera znormalizowaną klasyfikację taksonomiczną.

Najszerszy na rynku panel detekcji

Amplikonowe sekwencjonowanie III generacji, obejmujące bakterie, grzyby i pasożyty, umożliwia niezwykle dokładne określenie składu procentowego poszczególnych organizmów żywych w próbce.

Algorytm identyfikacji taksonomicznej Spark-Tech

Algorytmy opracowane przez Spark-Tech przyporządkowują zsekwencjonowane DNA do poszczególnych gatunków mikroorganizmów, wykorzystując bazę 1,2 miliona sekwencji referencyjnych. Algorytm dostarcza wyniki tożsame z wynikami serwisu BLAST NCBI.

III. Proces

Szczegóły metody SPARKbiom

Amplifikacja PCR całych fragmentów genów różnicujących poszczególne mikroorganizmy (16S, 18S rRNA) odbywa się z użyciem autorskich uniwersalnych primerów opracowanych przez Spark-Tech (technologia sond molekularnych Spark-Tech).

Sekwencjonowanie metodą III generacji (long-reads) wykorzystuje najnowszą dostępną wersję odczynników (Q14 chemistry) i oprogramowania od Oxford Nanopore Technologies. Ilościowa identyfikacja składu gatunkowego bakterii, grzybów oraz pasożytów odbywa się w oparciu o technologię Spark-Tech, równoważną z algorytmem BLAST NCBI.

Parametry dopasowania

Stosowana metoda analizy pozwala ustalać następujące parametry:

— Dla całej sekwencji w oparciu o Q-score (standardowo powyżej 15 Q-score)

— Dla pojedynczych nukleotydów w sekwencji (standardowo powyżej 5 Q-score)

— Na podstawie procentowej identyczności ze wzorcową sekwencją (standardowo 95%)

Dopasowanie wykorzystuje pełny algorytm BLAST, który jest dokładniejszy od standardowo stosowanych uproszczonych algorytmów uBLAST i Centrifuge. Opis zastosowanej metodologii sekwencjonowania w języku polskim lub angielskim jest dostępny do celów publikacji naukowych.

IV. Wyniki

Raporty z badania SPARKbiom

W zależności od wykupionego pakietu, wynik badania obejmuje jeden lub więcej z poniższych raportów.

RAPORT 1

Raport taksonomiczny

Identyfikacja składu mikrobiologicznego próbki

Pełna analiza taksonomiczna mikrobiomu z identyfikacją bakterii, grzybów i pasożytów na poziomie gatunku. Raport obejmuje skład procentowy mikrobioty, indeks dysbiozy, wskaźniki różnorodności oraz oznaczenie organizmów potencjalnie patogennych.

RAPORT ZAWIERA:

● Graficzną prezentację składu mikrobioty

● Szczegółową analizę poszczególnych mikroorganizmów

● Ocenę stanu dysbiozy i jej stopnia

● Oznaczenie organizmów potencjalnie patogennych

● Dane w formacie CSV/XLSX oraz raport graficzny PDF

RAPORT 2

Analiza funkcjonalna mikrobiomu

13 koszyków funkcjonalnych - algorytm PICRUSt2

Analiza funkcjonalna oparta na szczegółowej identyfikacji taksonomicznej umożliwia wnioskowanie o potencjalnych zdolnościach funkcjonalnych mikrobiomu. Na podstawie algorytmu PICRUSt2 oceniane jest 13 koszyków klinicznych, a wyniki porównywane z kohortą 600+ osób.

13 KOSZYKÓW FUNKCJONALNYCH:

01. Fermentacja węglowodanów i SCFA — szlaki produkcji maślanu, propionianu, octanu; równowaga mleczanowa.
02. Witaminy z grupy B — bilans syntezy i wchłaniania B12, produkcja folianów, proxy interakcji lekowych.
03. Węglowodany i bariera jelitowa — błonnik, degradacja mucyny, kontekst Akkermansia.
04. Kwasy żółciowe i estrobolom — funkcja BSH, aktywność operonu bai, modulacja HSDH.
05. Szczawiany - ryzyko kamicy nerkowej — degradacja typu I i II, indeks Oxalobacter.
06. Cholina i TMA-O - ryzyko CVD — produkcja TMA (CutC/CntAB), amplifikacja TMAO.
07. Oś mikrobiom–mitochondria — tarcza antyoksydacyjna, obciążenie toksynami, wsparcie NAD.
08. Metabolizm siarki i toksyczność H₂S — reduktaza siarczynowa, detoksykacja Sox.
09. Struktury zapalne, LPS i biofilm — biosynteza lipidu A, immunogenność TLR4, markery E. coli.
10. Psychobiotyki i neuromodulatory — produkcja GABA, bifurkacja tryptofan-kinurenina, dopamina.
11. Metabolizm białek i azotu — oś ureaza/amoniak, aminy biogenne, toksyny uremiczne.
12. Metanogeneza z MetaIndex — szlaki hydrogenotroficzne i metylotroficzne, złoty standard MCR.
13. Metaboliczny Koszyk Diety — ocena potencjału do metabolizowania różnych grup substancji odżywczych — błonnika, skrobi, polifenoli, laktozy, tłuszczów, fitoestrogenów itd.
RAPORT 3

Rekomendacje Medyczne

Zalecenia kliniczno-dietetyczne oparte na AI

Przegląd Medyczny Mikrobiomu to raport, który przekształca wynik badania SPARKbiom w dokument lekarskiej klasy. Na podstawie pełnych danych taksonomicznych i analizy funkcjonalnej PICRUSt2, lekarz, wspierany przez wieloetapowy system AI, opracowuje rekomendacje łączące profil mikrobiomu z kontekstem klinicznym pacjenta.

RAPORT ZAWIERA:

● Indywidualne rekomendacje probiotykoterapii

● Spersonalizowane zalecenia dietetyczne rozpisane na etapy

● Propozycje suplementacji

● Listę rekomendowanych badań kierunkowych

● Kontekst kliniczny uwzględniający leki, rozpoznania i wywiad

Zamów badanie