Badanie SPARKbiom
przypadki kliniczne

Standardowe badania mikrobiologiczne nie zawsze pozwalają ustalić przyczynę uporczywych dolegliwości. Badanie SPARKbiom, oparte na sekwencjonowaniu DNA, tworzy pełny obraz mikrobiomu i precyzyjnie identyfikuje drobnoustroje, których klasyczne posiewy nie wykrywają. Poniżej przedstawiamy rzeczywiste przypadki kliniczne, w których kompleksowa analiza mikrobiomu zmieniła podejście terapeutyczne.

MIKROBIOM JELITOWY

J.1

Dysbioza jelit po wielokrotnej i długotrwałej antybiotykoterapii

Dominacja Bacteroides fragilis
Materiał: Próbka kału
Objawy / tło kliniczne: Pacjent pediatryczny z przewlekłą chorobą neurologiczną; żywienie przez sondę; liczne i wieloletnie cykle antybiotykoterapii
WYNIK BADANIA SPARKBIOM:
W mikrobiomie jelitowym stwierdzono dominację Bacteroides fragilis na poziomie około 70%. Jest to gatunek komensalny, naturalnie występujący w jelicie grubym, jednak jego oznaczenie klasycznymi metodami jest utrudnione, ponieważ wymaga ścisłych warunków beztlenowych.

Wynik odzwierciedlał konsekwencje wieloletniej antybiotykoterapii — kolejne cykle leczenia zredukowały mikrobiotę w taki sposób, że umożliwiły stopniowe zdominowanie środowiska jelitowego przez bakterie najbardziej odporne.

Dodatkowo Bacteroides posiadają zdolność wymiany fragmentów DNA pomiędzy sobą (tzw. transfer poziomy), w tym genów związanych z opornością na antybiotyki, co sprzyja dalszemu utrwalaniu przewagi tych szczepów.
Pełny opis mikrobiomu pozwala wybrać terapię ściśle ukierunkowaną, w miarę możliwości oszczędzającą dobroczynne florę jelit. Taka strategia jest szczególnie cenna w przypadku pacjentów z nawracającymi problemami jelitowymi lub SIBO, poddawanych wielokrotnie antybiotykoterapii, a także w przypadku pacjentów ze znacznym niedoborem odporności.
J.2

Niespecyficzne objawy zaburzeń pracy przewodu pokarmowego

Przerost Geotrichum candidum
Materiał: Próbka kału
Objawy / tło kliniczne: Bóle brzucha, wzdęcia, gazy, czasem rozwolnienie; pełen panel badań standardowych nie wykazał nieprawidłowości
WYNIK BADANIA SPARKBIOM:
W mikrobiomie jelitowym stwierdzono obecność Geotrichum candidum na poziomie około 60%. Pacjent wcześniej miał podwyższony kwas jabłkowy w innych testach, jednak klasyczne badania nie ujawniły obecności drożdży z rodzaju Candida.
Wyczerpujący obraz mikrobiomu pozwolił wskazać konkretny gatunek odpowiadający za objawy. Standardowe badania często pokazują jedynie skutki zaburzeń (np. markery stanu zapalnego, przeciekanie jelit), ale nie pozwalają stwierdzić, jaki drobnoustrój je wywołuje, co utrudnia skuteczne leczenie.
J.3

Podejrzenie infekcji pasożytniczej

Przerost Escherichia coli w jelicie
Materiał: Próbka kału
Objawy / tło kliniczne: Bóle brzucha, wzdęcia, gazy, biegunki, zaburzenia rytmu wypróżnień, nietolerancje pokarmowe; podejrzenie infekcji pasożytniczej
WYNIK BADANIA SPARKBIOM:
Znaczny przerost Escherichia coli, nawet do 60% mikrobiomu jest bardzo często wyjaśnieniem dla objawów sugerujących zakażenie pasożytami. Rzadko są to inne patogeny jelitowe, takie jak Shigella czy Salmonella. Pasożyty natomiast występują w bardzo niskim odsetku próbek.
Analiza mikrobiomu pozwala rozstrzygnąć, czy objawy wywołane są obecnością pasożytów, czy jednak są związane z dysbiozą i przesądzić o właściwej strategii leczenia.
J.4

Objawy sugerujące nietolerancję nabiału

Przerost Phascolarctobacterium vulgatus
Materiał: Próbka kału
Objawy / tło kliniczne: Nietolerancja nabiału, przewlekłe dolegliwości ze strony przewodu pokarmowego; liczne badania standardowe nie przyniosły wyjaśnienia
WYNIK BADANIA SPARKBIOM:
W mikrobiomie jelitowym stwierdzono nadmierny udział Phascolarctobacterium vulgatus. Bakteria ta jako komensal występuje naturalnie w jelicie człowieka, ale jej nadmierny rozrost przyczyniał się do nasilenia uciążliwych objawów po spożyciu nabiału. Analiza historii pacjenta wskazała, że w okresie przyjmowania antybiotyku (np. na anginę) objawy te ustępowały.
Po ustaleniu w badaniu mikrobiomu, jaka bakteria odpowiada za nawracające dolegliwości, możliwe było podjęcie celowanych działań terapeutycznych.

MIKROBIOM MOCZU

M.1

Zakażenie układu moczowego przy jałowym wyniku posiewu

Obecność Streptococcus anginosus
Materiał: Dwie oddzielne próbki moczu — przed i po leczeniu
Objawy / tło kliniczne: Objawy sugerujące zakażenie układu moczowego (ZUM); standardowy posiew moczu wykazywał brak wzrostu drobnoustrojów
WYNIK BADANIA SPARKBIOM:
Próbka 1: W materiale wykryto obecność Streptococcus anginosus. Bakteria ta może wywoływać zakażenia dróg moczowych, a ze względu na swoją charakterystykę i wymagania bywa trudna do wykrycia metodą klasycznego posiewu. Na podstawie wyniku wprowadzono ukierunkowaną antybiotykoterapie.

Próbka 2: Po ok. 2,5 doby antybiotykoterapii wykazano ponad dziesięciokrotne zmniejszenie liczby mikroorganizmów oraz całkowitą eradykację Streptococcus anginosus. Pomimo ograniczenia bioróżnorodności mikrobiomu w trakcie leczenia (z 218 do 112 gatunków), ekosystem mikroorganizmów pozostał zachowany.
Badanie pozwoliło zidentyfikować trudno wykrywalny patogen, zastosować dedykowaną antybiotykoterapie i następnie ocenić jej wpływ na mikrobiom, potwierdzając selektywne działanie leczenia.
M.2

Nawracające objawy ZUM przy wielokrotnie jałowych posiewach moczu

Identyfikacja patogenów metodą sekwencjonowania DNA
Materiał: Próbki moczu od pacjentów z nawracającymi dolegliwościami ZUM
Objawy / tło kliniczne: Częste nawroty objawów zakażenia dróg moczowych; wielokrotnie wyniki posiewów określane jako jałowe; często krótkotrwała poprawa po antybiotykoterapiach dobieranych bez wyników badania mikrobiologicznego (leczenie empiryczne)
WYNIK BADANIA SPARKBIOM:
Na podstawie kompletnego opisu mikrobiomu, jaki powstaje w drodze sekwencjonowania DNA, udaje się precyzyjnie zidentyfikować bakterie odpowiedzialne za stany zapalne. Nie jest możliwe uzyskanie tak dokładnego wyniku w drodze posiewu, choćby dlatego, że znaczna część bakterii mikrobiomu wymaga szczególnych warunków do rozrostu (np. bakterie beztlenowe).
Terapia oparta o konkretny obraz mikrobiologiczny minimalizuje szkody w mikrobiocie i pozwala na szybsze odbudowanie równowagi środowiska dróg moczowych. Analizy wykazały, że nawet u pacjentów stosujących antybiotyki, mikrobiom moczu pozostaje bogaty i zróżnicowany.

MIKROBIOM DRÓG RODNYCH

R.1

Ocena mikrobiomu pochwy w kontekście badania płodności

Dominacja Lactobacillus iners
Materiał: Wymaz z pochwy
Objawy / tło kliniczne: Ocena mikrobiomu w kontekście płodności i nawracających dolegliwości ze strony układu rozrodczego
WYNIK BADANIA SPARKBIOM:
Profil mikrobiomu wykazał przewagę bakterii Lactobacillus iners. Gatunek ten jest naturalnie obecny w mikroflorze pochwy, jednak bywa mniej stabilny i bardziej podatny na zmiany w porównaniu z Lactobacillus crispatus, która powinna dominować w prawidłowym mikrobiomie.

W klasyfikacji CST (Community State Type) L. crispatus uznawany jest za najbardziej sprzyjający równowadze środowiska pochwy — wiąże się m.in. z niższym ryzykiem infekcji oraz lepszymi parametrami płodności.
Kompletny obraz mikrobiomu pozwala ocenić czynniki wpływające na zdrowie układu rozrodczego i planowanie dalszego postępowania i diagnostyki, zwłaszcza w kontekście płodności.
R.2

Dolegliwości ginekologiczne — mieszana flora bakteryjna

Obecność Gardnerella i drożdżaków
Materiał: Wymaz z pochwy
Objawy / tło kliniczne: Nawracające dolegliwości w obrębie układu rozrodczego, zaczerwienienie, podrażnienie, upławy, niezdrowy zapach, uczucie dyskomfortu
WYNIK BADANIA SPARKBIOM:
Badanie mikrobiomu wykazało obecność Gardnerella oraz drożdżaków, przy obniżeniu prawidłowo występujących bakterii Lactobacillus, co obrazuje stan dysbiozy. Zdrowy mikrobiom pochwy charakteryzuje się przewagą Lactobacillus crispatus lub Lactobacillus gasseri, które stanowią około 90% całej mikroflory.
Mieszany skład mikrobiomu tłumaczy nawracające dolegliwości i wymaga działań wspierających odbudowę równowagi mikroflory.
R.3

Ocena mikrobiomu błony śluzowej macicy w kontekście badania płodności

Mieszana mikroflora
Materiał: Wymaz z jamy macicy
Objawy / tło kliniczne: Ocena środowiska macicy przed procedurami wspomagania rozrodu
WYNIK BADANIA SPARKBIOM:
Badanie wykazało dysbiozę — w próbce stwierdzono mieszaną florę różnych bakterii zamiast prawidłowo występującej wyraźnej dominacji Lactobacillus crispatus czy Lactobacillus gasseri.

Prawidłowy mikrobiom macicy zapewnia większą stabilność środowiska błony śluzowej macicy i może sprzyjać procesowi implantacji zarodka.
Pełny obraz mikroflory pozwala na podjęcie właściwych działań terapeutycznych przed planowanymi procedurami leczenia niepłodności.

MIKROBIOM NASIENIA

R.4

Badanie nasienia — obecność Prevotella bivia i Mobiluncus curtisii

Bakterie typowe dla kobiecego układu rozrodczego
Materiał: Próbka nasienia
Objawy / tło kliniczne: Zaburzenia parametrów nasienia; powtarzane badania standardowe nie wykazywały jednoznacznej przyczyny
WYNIK BADANIA SPARKBIOM:
W próbce wykryto bakterie typowe dla kobiecego układu rozrodczego: Prevotella bivia (najliczniejsza) i Mobiluncus curtisii. Oba gatunki mogą być przenoszone między partnerami i zaburzać mikrośrodowisko nasienia. Obecność tych bakterii mogła wpływać na jakość nasienia oraz utrwalać przewlekłe, trudne do uchwycenia zaburzenia.
Precyzyjne zidentyfikowanie nieprawidłowych elementów mikroflory pozwala na właściwe ukierunkowanie dalszej diagnostyki i ewentualnego leczenia obojga partnerów.
R.5

Nawracające infekcje dróg moczowo-płciowych

Dominacja Morganella morganii
Materiał: Próbka nasienia
Objawy / tło kliniczne: Nawracające infekcje, dolegliwości, dyskomfort, pieczenie, ból, częstomocz, mętność i niezdrowy zapach moczu; niejednoznaczne lub zmienne wyniki posiewów
WYNIK BADANIA SPARKBIOM:
W próbce stwierdzono dominację Morganella morganii na poziomie około 50%. Bakteria ta może powodować zakażenia dróg moczowo-płciowych, a bywa trudna do uchwycenia w klasycznych posiewach. Morganella jest odporna na dużą część antybiotyków, stąd brak precyzyjnego leczenia nie pozwolił uniknąć nawrotów infekcji.
Identyfikacja dominującego patogenu pozwala jednoznacznie określić kierunek dalszego postępowania i wdrożyć terapię ukierunkowaną na konkretny gatunek bakterii.

MIKROBIOM SKÓRY

S.1

Zmiany trądzikowe — związane z obecnością Demodex folliculorum

Demodex folliculorum (nużeniec)
Materiał: Wymaz ze skóry policzka
Objawy / tło kliniczne: Przewlekłe zmiany przypominające trądzik; brak poprawy po leczeniu antybiotykami
WYNIK BADANIA SPARKBIOM:
W materiale stwierdzono obecność Demodex folliculorum, pajęczaka, który bytuje w mieszkach włosowych człowieka i gruczołach łojowych twarzy. Zakażenie nużeńcem może nasilać zmiany skórne i powodować między innymi objawy bardzo podobne do trądziku.
Zaawansowana analiza próbki wyjaśniła, dlaczego leczenie ukierunkowane na bakterie było nieskuteczne — zmiany wynikały z obecności nużeńca (demodekoza), a nie infekcji bakteryjnej i wymagały terapii nakierowanej na tego pasożyta.
S.2

Łysienie i zaczerwienienie skóry głowy

Dominacja drożdżaków rodzaju Malassezia
Materiał: Wymaz ze skóry głowy
Objawy / tło kliniczne: Miejscowe zaczerwienienie skóry głowy, łamliwość i przerzedzenie włosów; obraz dermatoskopowy sugerujący grzybicę skóry wywoływaną przez Dermatofity
WYNIK BADANIA SPARKBIOM:
W materiale stwierdzono dominację drożdżaków: Malassezia globosa (około 60%) oraz Malassezia restricta (około 16%), a także innych gatunków z tej grupy.

Drożdżaki Malassezia stanowią naturalny element mikrobiomu skóry, jednak ich nadmierny rozrost może prowadzić do stanów zapalnych i wypadania włosów. Obraz kliniczny takich zakażeń często przypomina dermatofitozę, choć wywołują je zupełnie inne mikroorganizmy.
Ukierunkowanie leczenia na konkretne gatunki drożdżaków umożliwia skrócenie terapii z trzech miesięcy do trzech tygodni.
pl_PLPolish
en_USEnglish pl_PLPolish