Spark-Tech Diagnostyka

Raport Taxonomiczny SPARKbiom

Przykład raportu - Analiza próbki przy użyciu sekwencjonowania DNA metodą NGS III generacji

Raport Mikrobiologiczny z Analizy Próbki
przy Użyciu Sekwencjonowania DNA metodą NGS III Generacji

Typ Analizy:	SPK_H-KAL
Numer Badania:	851UBqn1W
Nazwa Badania:	SPARKbiom
Imię i Nazwisko oraz nr Pesel:	XXXXXXXXXXXX
Rodzaj Materiału i nr Próbki:	Kał / XXXXXXXXXXX
Nazwa i Kod Zlecenia:	Spark-Tech / 25_11_29_EB_B28_B0382
Data i Godzina Przyjęcia:	XXXXXXXXXXX
Kierujący Lekarz:	Zlecone przez pacjenta

Sekcja 1: Podsumowanie Badania

Indeks Dysbiozy

Indeks dysbiozy mikrobiomu jelitowego jest wskaźnikiem oceniającym stan równowagi bakteryjnej w jelitach na podstawie analizy różnych parametrów mikrobiologicznych i biochemicznych. Skala tego indeksu waha się od 0 do 12, gdzie wartość 12 wskazuje na optymalny stan mikrobiomu, charakteryzujący się zdrową i zrównoważoną flotą bakteryjną. Niższe wartości indeksu sygnalizują stopniowe zaburzenia w składzie mikrobiomu, co może prowadzić do dysbiozy i związanych z nią problemów zdrowotnych.

Rozpoznano 248 organizmów na poziomie Gatunku (Species).
W tym 3 organizmów eukariotycznych.

Wykaz Patogenów oraz organizmów warunkowo Patogennych

Typ	Nazwa	NCBI ID	Poziom	Organizmy
Bakterie Gram-Dodatnie (możliwa patogenność)	Corynebacterium	1716	Niski	C. dentalis
Bakterie Gram-Dodatnie (możliwa patogenność)	Clostridium	1485	Średni	C. sp., C. sp. ES1, C. sp. Marseille-P7770, C. fessum, C. sp. Marseille-Q5894, C. sp. BMD1, C. sp. Marseille-P2776, C. sp. Marseille-P3244

Wskazniki i Indeksy Bionomu

Wskaźnik Shannona: Miara Różnorodności Biologicznej

Wskaźnik Shannona służy do oceny różnorodności biologicznej w próbie mikrobiomu. Wartości wskaźnika w przedziale od 2.5 do 4,5 (dla poziomu gatunku) oraz od 1,5 do 3.5 (dla poziomu rodzaju) są uważane za wskazujące na dobrą różnorodność. Niższe wartości mogą sygnalizować problemy z różnorodnością, co potencjalnie wpływa na zdrowie, podczas gdy wyższe wartości, choć mogą być korzystne, w niektórych sytuacjach klinicznych mogą również wskazywać na problemy. Interpretacja wyników powinna być dostosowana do indywidualnej sytuacji klinicznej pacjenta.

Wskaznik Dysbiozy - Bacillota (Firmicutes) [NCBI ID: 1239]/ Bacteroidota (Bacteroidetes) [NCBI ID: 976]:

Wskaznik Dysbiozy - Actinomycetota (Actinobacteria) [NCBI ID: 201174] /Pseudomonadota (Proteobacteria) [NCBI ID: 1224]

Wskaznik Dysbiozy - Prevotella [NCBI ID: 838] /Bacteroides [NCBI ID: 816]

Posumowanie

LABORATORIUM:
SPARK-TECH DIAGNOSTYKA
Ul. Lelewela 14/1-2
31-108
Kraków
Tel. 572260126/12-3110032

KIEROWNIK LABORATORIUM:
Dr n. med., mgr biol.
Mateusz Adamski
specjalista neurolog
Farmaceuta,Dietetyk:
mgr Anita Molenda

Zalecenia:

Właściwa interpretacja wyniku oraz dodatkowe zalecenia są możliwe jedynie w połączeniu z dokładną oceną kliniczną Pacjenta/Pacjentki oraz staranną analizą wywiadu medycznego. Może być konieczna konsultacja lekarska. Jeśli jest Pani/ Pan zainteresowana/zainteresowany wyżej wymienionymi usługami prosimy o kontakt z naszym zespołem w celu uzupełnienia ankiety WYWIAD MEDYCZNY i otrzymania dodatkowej interpretacji wyniku oraz zaleceń dotyczących diety, suplementacji, stylu życia, probiotykoterapii i/lub lekarskich konsultacji specjalistycznych. Dodatkowe informacje znajdują się na stronie internetowej sparkbiom.pl.

Wynik zatwierdził:
Mgr. Katarzyna Pietruś Diagnosta Laboratoryjny NR. PWZDL 17797

Sekcja 2: Charakterystyka Mikrobiomu: Kompleksowa Analiza Organizmów

Zidentyfikowano 94 organizmów na poziomie Rodzaju (Genus)	Zidentyfikowano 248 organizmów na poziomie Gatunku (Species)
Rozkład Rodzajów Organizmów	Rozkład Gatunków Organizmów

Analiza Mikrobiomu

Sekcja 1 prezentuje kompleksowy obraz mikrobiomu, obejmując wszystkie grupy mikroorganizmów, takie jak bakterie, grzyby, pierwotniaki, a także inne mikroby. Zidentyfikowane organizmy są przedstawione na dwóch poziomach klasyfikacji: rodzaju (łac. genus) i gatunku (łac. species), co pozwala na dogłębną analizę ich różnorodności.

Analiza Graficzna: Wykresy Kołowe
Wykresy kołowe przedstawiają procentowy udział różnych rodzajów lub gatunków mikroorganizmów w analizowanym mikrobiomie. Ułatwia to identyfikację dominujących mikrobów oraz ocenę ich różnorodności. Kategoria „pozostałe” zawiera organizmy, które indywidualnie stanowią mniej niż 1% próbki.
Różnica między Rodzajem a Gatunkiem:
Rodzaj (łac. genus) i gatunek (łac. species) to terminy odnoszące się do różnych poziomów klasyfikacji biologicznej, przy czym rodzaj jest kategorią wyższą niż gatunek. Analiza na poziomie rodzaju dostarcza ogólnego obrazu różnorodności mikrobiomu, podczas gdy analiza na poziomie gatunku oferuje bardziej szczegółowe informacje. Warto zauważyć, że liczba organizmów rozpoznanych na poziomie gatunku jest zwykle większa niż na poziomie rodzaju.

Opis najczęstszych organizmów na poziomie Gatunku

#	Nazwa	NCBI ID	Opis
1	Prevotella marseillensis	2479840	Prevotella marseillensis to względnie nowo zidentyfikowany gatunek bakterii Gram-ujemnej, należący do rodzaju Prevotella, rodziny Prevotellaceae. Ten beztlenowy mikroorganizm występuje jako część mikrobioty człowieka, kolonizując przede wszystkim jamę ustną, przewód pokarmowy oraz narządy płciowe. Charakteryzuje się pałeczkowatym kształtem i zdolnością do fermentacji węglowodanów, co prowadzi do produkcji kwasów, takich jak masłowy i propionowy. Genom P. marseillensis ujawnia adaptacje metaboliczne umożliwiające przeżycie w niszach o niskiej dostępności tlenu. Choć niektóre gatunki z rodzaju Prevotella są związane z chorobami zapalnymi, rola P. marseillensis w zdrowiu i chorobie pozostaje słabo poznana. Wstępne badania sugerują jednak, że może odgrywać istotną rolę w modulacji lokalnej odpowiedzi immunologicznej oraz w interakcjach mikrobiologicznych w obrębie mikrobioty. Dalsze badania nad tym gatunkiem mogą pomóc w lepszym zrozumieniu ekosystemów mikrobiologicznych człowieka oraz ich wpływu na zdrowie.
2	Faecalibacterium prausnitzii	853	Faecalibacterium prausnitzii (NCBI taxonomy ID: 853) jest Gram-dodatnią, beztlenową bakterią należącą do gromady Firmicutes, będącą jednym z najliczniejszych komensali w ludzkim jelicie grubym. Organizmy te charakteryzują się pałeczkowatym kształtem i zdolnością do produkcji masłanu (kwasu masłowego), kluczowego metabolitu o działaniu przeciwzapalnym, który odgrywa istotną rolę w utrzymaniu integralności jelit. F. prausnitzii jest uważany za wskaźnik zdrowego mikrobiomu jelitowego, a jego zmniejszona liczebność koreluje ze stanami zapalnymi jelit, takimi jak choroba Leśniowskiego-Crohna i wrzodziejące zapalenie jelita grubego. Wykazuje działanie immunomodulacyjne, m.in. poprzez produkcję przeciwzapalnych metabolitów takich jak indolopochodne. Ponadto bakteria wytwarza specjalne białka z właściwościami ochronnymi, które ograniczają reakcje zapalne. Jest to drobnoustrój trudny do hodowli ze względu na wysokie wymagania beztlenowe. Obecne badania koncentrują się na potencjalnych zastosowaniach F. prausnitzii jako probiotyku, mającego wspierać zdrowie jelit i modulację układu odpornościowego.
3	Anaerostipes hadrus	649756	Anaerostipes hadrus (NCBI Taxonomy ID: 649756) to beztlenowa bakteria gram-dodatnia należąca do rodzaju Anaerostipes, z rodziny Lachnospiraceae w gromadzie Firmicutes. Organizmy te przyjmują kształt pałeczek i są zdolne do fermentacji, w procesie której produkują maślan (kwas masłowy), jeden z krótkołańcuchowych kwasów tłuszczowych (SCFA), kluczowych dla zdrowia jelit. A. hadrus występuje głównie w ludzkim mikrobiomie jelitowym, gdzie pełni ważną rolę w utrzymaniu prawidłowej funkcji bariery jelitowej, regulacji stanu zapalnego oraz metabolizmu. Gatunek ten przyczynia się również do zmniejszania pH w świetle jelita, co hamuje wzrost patogenów.Biologiczne znaczenie A. hadrus wiąże się przede wszystkim z jego zdolnością do przekształcania węglowodanów niestrawialnych w SCFA, które są kluczowym źródłem energii dla kolonocytów oraz mają właściwości przeciwnowotworowe i przeciwzapalne. Pogorszenie obecności tego organizmu w jelitach jest związane z chorobami zapalnymi jelit (IBD), otyłością oraz zespołem metabolicznym. Z uwagi na zdolność do syntezy maślanu, Anaerostipes hadrus jest obecnie obiektem badań mających na celu opracowanie terapii probiotycznych wspierających zdrowie metaboliczne i immunologiczne.
4	Blautia sp.	1955243	Blautia sp. (NCBI Taxonomy ID: 1955243) to bakteria Gram-dodatnia należąca do rodziny Lachnospiraceae w gromadzie Firmicutes. Organizm ten jest bezwzględnie beztlenowy i ma kształt kolisty lub lekko wydłużony. Blautia sp. jest naturalnym składnikiem mikrobioty jelitowej człowieka i zwierząt, gdzie odgrywa kluczową rolę w procesach fermentacyjnych, w szczególności w wytwarzaniu krótkołańcuchowych kwasów tłuszczowych, takich jak kwas masłowy. Utrzymuje homeostazę środowiska jelitowego, wspomaga funkcje immunologiczne oraz chroni przed kolonizacją patogenów. Zmniejszona liczba bakterii Blautia sp. w jelitach wiązana jest z dysbiozą, która może prowadzić do chorób metabolicznych, zapalnych i nowotworowych. Obecnie bakteria ta jest badana pod kątem jej potencjalnego zastosowania w terapii mikrobiologicznej oraz probiotykach. Genom Blautia sp. dostarcza informacji pozwalających na identyfikację mechanizmów adaptacyjnych i metabolizmowych tego mikroorganizmu.
5	Blautia faecis	871665	Blautia faecis to gatunek Gram-dodatnich bakterii należący do rodziny Lachnospiraceae w typie Firmicutes. Jest to organizm beztlenowy, niezdolny do ruchu, o kształcie kokowatym lub pałeczkowatym, występujący głównie w jelitach ludzi i zwierząt. Gatunek ten odgrywa kluczową rolę w utrzymaniu homeostazy mikrobioty jelitowej, biorąc udział w fermentacji węglowodanów i produkcji krótkołańcuchowych kwasów tłuszczowych, takich jak kwas masłowy, który wpływa korzystnie na zdrowie jelit. Blautia faecis wykazuje zdolność do modulowania odpowiedzi zapalnych i wspierania bariery jelitowej, co czyni ją istotną w kontekście badań nad chorobami metabolicznymi i przewodu pokarmowego. Genom bakterii zawiera szereg genów kodujących enzymy związane z metabolizmem sacharydów i przystosowaniem do środowiska jelitowego. Badania wskazują, że dysbioza związana z obniżeniem liczebności Blautia faecis może być powiązana z różnymi stanami patologicznymi, w tym cukrzycą typu 2 i chorobami zapalnymi jelit. Ze względu na swoje znaczenie, gatunek ten jest często badany w kontekście probiotykoterapii oraz opracowywania strategii wspierających zdrowie jelit.
6	Blautia wexlerae	418240	Blautia wexlerae (NCBI Taxonomy ID: 418240) jest gram-dodatnią, bezwzględnie beztlenową bakterią kształtu kokoidalnego należącą do rodziny Lachnospiraceae w obrębie typu Firmicutes. Mikroorganizm ten jest naturalnym składnikiem mikrobioty jelitowej człowieka i zwierząt, gdzie odgrywa istotną rolę w metabolizmie oraz równowadze ekosystemu jelitowego. B. wexlerae uczestniczy w procesach fermentacyjnych, prowadząc do produkcji krótkołańcuchowych kwasów tłuszczowych (SCFA), takich jak kwas masłowy, które korzystnie wpływają na zdrowie jelit i homeostazę metaboliczną. Charakteryzuje się zdolnością do fermentacji różnych węglowodanów pochodzących z diety, co czyni ją kluczowym graczem w trawieniu błonnika. Genom tego organizmu wykazuje adaptacje sprzyjające kolonizacji w środowisku jelitowym oraz interakcjom z innymi mikrobami. Zaburzenia w populacji B. wexlerae są powiązane z różnymi stanami chorobowymi, w tym zespołem jelita drażliwego czy otyłością. W kontekście terapii probiotycznych i prebiotycznych bakteria ta może odgrywać potencjalnie korzystną rolę w modulowaniu składu mikrobioty. Jej znaczenie dla zdrowia ludzkiego podlega intensywnym badaniom.
7	Butyrivibrio crossotus	45851	Butyrivibrio crossotus jest beztlenową bakterią Gram-dodatnią należącą do rodziny Lachnospiraceae w obrębie typu Firmicutes. Organizm ten występuje głównie w przewodzie pokarmowym ssaków, gdzie pełni istotną rolę w rozkładzie polisacharydów, takich jak celuloza i hemiceluloza. Dzięki swoim enzymom hydrolitycznym bierze udział w produkcji krótkołańcuchowych kwasów tłuszczowych (SCFA), w tym maślanu, który jest ważnym źródłem energii dla komórek nabłonka jelitowego. Butyrivibrio crossotus przyczynia się również do utrzymania homeostazy mikrobioty jelitowej oraz wspomagania zdrowia metabolicznego. Charakteryzuje się pleomorficznym kształtem i zdolnością do fermentacji różnorodnych substratów w warunkach beztlenowych. Pomimo korzystnego wpływu na zdrowie, niektóre gatunki z rodzaju Butyrivibrio mogą być zaangażowane w zjawiska dysbiozy. Jego znaczenie biologiczne jest przedmiotem badań związanych z wpływem diet bogatych w błonnik na skład mikrobioty jelitowej i zdrowie gospodarza. Potencjał Butyrivibrio crossotus jako probiotyku lub organizmu wspomagającego trawienie jest nadal eksplorowany w kontekście zastosowań w naukach żywienia i medycynie.
8	Lachnospiraceae bacterium MC_36	1755643	Lachnospiraceae bacterium MC_36 należy do rodziny Lachnospiraceae, która jest częścią typu Firmicutes. Te bakterie Gram-dodatnie są beztlenowe i niezdolne do wytwarzania endospor. Charakterystyczne dla przedstawicieli tej rodziny są zdolności do fermentacji węglowodanów, w wyniku której wytwarzają krótkołańcuchowe kwasy tłuszczowe (SCFA), takie jak maślan, octan i propionian. Maślan pełni istotną rolę w odżywianiu nabłonka jelitowego i wspiera utrzymanie homeostazy w układzie pokarmowym. Lachnospiraceae bacterium MC_36 występuje głównie w ludzkim mikrobiomie jelitowym, gdzie bierze udział w procesach fermentacyjnych ważnych dla metabolizmu gospodarza. Mikroorganizm ten może potencjalnie wpływać na regulację odporności, stan zapalny oraz ochronę przed kolonizacją patogennych bakterii. Jego obecność i aktywność są kluczowe dla zdrowia jelit oraz ogólnego funkcjonowania organizmu człowieka. Dalsze badania nad tym drobnoustrojem mogą ujawnić jego potencjalne znaczenie w leczeniu chorób przewodu pokarmowego i zaburzeń metabolicznych.
9	Fusicatenibacter saccharivorans	1150298	Fusicatenibacter saccharivorans (NCBI Taxonomy ID: 1150298) jest gram-dodatnią, beztlenową, nieprzetrwalnikującą bakterią z rodziny Lachnospiraceae. Gatunek ten został po raz pierwszy wyizolowany z kału ludzkiego, co sugeruje, że jest częścią mikrobioty jelitowej człowieka. Charakteryzuje się zdolnością do fermentacji węglowodanów, w szczególności sacharozy, co prowadzi do wytwarzania krótkołańcuchowych kwasów tłuszczowych (SCFA), takich jak octan, które są kluczowe dla zdrowia jelit. Komórki tego mikroorganizmu mają kształt pałeczek o średnich wymiarach, a optymalny wzrost obserwuje się w warunkach beztlenowych.Fusicatenibacter saccharivorans odgrywa istotną rolę w utrzymaniu homeostazy jelitowej oraz wpływa na metabolizm gospodarza, co może mieć znaczenie w kontekście zapobiegania chorobom metabolicznym, takim jak otyłość i cukrzyca typu 2. Coraz więcej badań wskazuje na potencjalny wpływ tej bakterii na modulację odpowiedzi immunologicznej oraz ochronę przed rozwojem stanów zapalnych w jelitach. Zrozumienie jej funkcji i interakcji z innymi składnikami mikrobioty może przyczynić się do opracowania nowych terapii probiotycznych. Ze względu na te właściwości, Fusicatenibacter saccharivorans jest obiektem badań w kontekście zdrowia ludzkiego i mikrobiologii jelitowej.
10	Parabacteroides distasonis	823	Parabacteroides distasonis to gram-ujemna, bezwzględnie beztlenowa bakteria należąca do typu Bacteroidota. Jest komensalnym mikrorganizmem występującym w przewodzie pokarmowym ludzi i zwierząt, gdzie odgrywa istotną rolę w utrzymywaniu równowagi mikrobiologicznej jelit. Charakteryzuje się zdolnością do rozkładu złożonych polisacharydów, co przyczynia się do produkcji krótkołańcuchowych kwasów tłuszczowych, będących źródłem energii dla komórek jelitowych. P. distasonis wykazuje potencjał immunomodulacyjny, wpływając na regulację procesów zapalnych oraz funkcjonowanie układu odpornościowego. Coraz więcej badań wskazuje na jej rolę w ochronie przed chorobami metabolicznymi, otyłością i cukrzycą typu 2. Mimo jej przeważnie korzystnego wpływu, zmiany w składzie jej populacji w jelitach mogą być związane z zaburzeniami mikrobiomu, co może sprzyjać rozwojowi chorób zapalnych jelit. Genom P. distasonis (NCBI Taxonomy ID: 823) został szczegółowo zsekwencjonowany, co umożliwia dalsze badania nad jej funkcjami biologicznymi i potencjalnym zastosowaniem w terapii mikrobiologicznej.
11	Roseburia faecis	301302	Roseburia faecis (NCBI Taxonomy ID: 301302) to gram-dodatnia, beztlenowa bakteria należąca do rodzaju Roseburia, klasy Clostridia. Jest ona pałeczkowata, ruchliwa dzięki obecności rzęsek, a jej naturalnym środowiskiem bytowania jest jelito grube człowieka i innych ssaków. R. faecis odgrywa kluczową rolę w utrzymaniu zdrowia jelit, uczestnicząc w fermentacji błonnika pokarmowego i produkcji krótkołańcuchowych kwasów tłuszczowych (SCFA), zwłaszcza maślanu. Maślan jest istotnym źródłem energii dla kolonocytów, wykazuje działanie przeciwzapalne oraz wspiera integralność bariery jelitowej. Zaburzenia w populacji R. faecis są związane z chorobami zapalnymi jelit, zespołem metabolicznym i innymi schorzeniami przewodu pokarmowego. Ponadto, bakteria ta jest badana pod kątem jej potencjalnej roli probiotycznej i wpływu na modulowanie mikrobioty jelitowej. Ze względu na swoje właściwości metaboliczne, Roseburia faecis stanowi istotny obiekt badań w kontekście terapii mikrobiomowych i zdrowia metabolicznego.
12	Lachnospiraceae bacterium	1898203	Lachnospiraceae bacterium (NCBI taxonomy ID: 1898203) należy do rodziny Lachnospiraceae w obrębie typu Firmicutes. Jest to Gram-dodatnia, beztlenowa bakteria o kształcie cylindrycznym (pałeczkowatym), która odgrywa kluczową rolę w mikrobiocie jelitowej człowieka i zwierząt. Organizmy z tej rodziny są zdolne do fermentacji złożonych węglowodanów, w wyniku czego powstają krótkołańcuchowe kwasy tłuszczowe (SCFA), takie jak maślan, octan i propionian. Szczególnie maślan ma istotne znaczenie, ponieważ jest kluczowym źródłem energii dla kolonocytów, wykazuje właściwości przeciwzapalne oraz uczestniczy w utrzymaniu integralności bariery jelitowej.Lachnospiraceae bacterium jest również związany z modulacją układu odpornościowego i może wpływać na zdrowie metaboliczne gospodarza. Zaburzenia w składzie rodziny Lachnospiraceae są często obserwowane w chorobach takich jak otyłość, cukrzyca typu 2, choroby zapalne jelit czy zespół jelita drażliwego. Genom bakterii koduje enzymy umożliwiające metabolizm polisacharydów roślinnych, co podkreśla jej zdolność adaptacyjną do różnorodnych warunków w przewodzie pokarmowym. Ze względu na swoje właściwości metaboliczne i interakcje z gospodarzem, ten organizm jest obiektem intensywnych badań w kontekście zdrowia człowieka i potencjału terapeutycznego.
13	Anthropogastromicrobium aceti	2981768	Anthropogastromicrobium aceti to mikroorganizm z rodziny Lactobacillaceae, należący do rzędu Lactobacillales w typie Firmicutes. Ten drobnoustrój jest Gram-dodatnią bakterią pałeczkowatą, tolerującą środowisko o wysokiej kwasowości, co czyni go przystosowanym do życia w miejscach o niskim pH, takich jak przewód pokarmowy człowieka. Gatunek ten cechuje zdolność do fermentacji węglowodanów, w wyniku której wytwarzany jest kwas octowy, będący kluczowym metabolitem w biochemicznych ścieżkach regulacji mikrobioty jelitowej. Zidentyfikowano go jako składnik mikrobiomu przewodu pokarmowego u ludzi, gdzie potencjalnie bierze udział w modulowaniu procesów trawienia i wspieraniu homeostazy metabolicznej. Organizmy tego gatunku są także badane pod kątem ich potencjalnego wpływu na układ odpornościowy, w tym zdolność do wspomagania odpowiedzi zapalnej. A. aceti wykazuje właściwości, które mogą być istotne dla zdrowia człowieka, np. modulowanie składników mikrobioty oraz produkcja związków bioaktywnych. Chociaż jest stosunkowo nowo opisaną bakterią, jej znaczenie biologiczne staje się coraz bardziej przedmiotem zainteresowania w badaniach nad probiotykami i terapiami związanymi z mikrobiotą.
14	Coprococcus sp.	2049024	Coprococcus sp. należy do rodziny Lachnospiraceae i jest ważnym składnikiem zdrowego mikrobiomu ludzkiego jelita. Bakterie te są związane z produkcją krótkołańcuchowych kwasów tłuszczowych, które mają kluczowe znaczenie dla zdrowia jelit. Badania nad Coprococcus sp. skupiają się na jego potencjalnym wpływie na choroby metaboliczne i stan zapalny.
15	Vescimonas fastidiosa	2714353	Organizm Vescimonas fastidiosa (NCBI Taxonomy ID: 2714353) to bakteria gram-ujemna należąca do rodziny Rhodanobacteraceae w klasie Gammaproteobacteria. Jest to mikroorganizm o morfologii pałeczkowatej, wykazujący zdolność ruchu dzięki obecności rzęsek. V. fastidiosa charakteryzuje się wymaganiami wzrostowymi, co wskazuje na jej specyficzne preferencje środowiskowe i trudności w hodowli laboratoryjnej. Gatunek ten został po raz pierwszy opisany na podstawie badań metagenomicznych, co sugeruje jego potencjalne znaczenie w mikrobiomie specyficznych nisz ekologicznych, takich jak gleba lub środowiska wodne. V. fastidiosa może odgrywać rolę w cyklach biogeochemicznych, takich jak obieg azotu, dzięki metabolizmowi azotowemu. Ze względu na swoje unikalne właściwości, organizm ten może być istotny dla badań ekologicznych, biotechnologicznych oraz zrozumienia interakcji mikroorganizmów w ich naturalnym środowisku. Dalsze analizy mogą ujawnić jego potencjalny wpływ na zdrowie roślin lub inne elementy ekosystemu. W literaturze naukowej badania na tym gatunku są jeszcze ograniczone, co podkreśla potrzebę dalszych działań badawczych.
16	Parasutterella excrementihominis	487175	Parasutterella excrementihominis (NCBI Taxonomy ID: 487175) to gram-ujemna, beztlenowa i nieruchliwa bakteria należąca do rodzaju Parasutterella z rodziny Sutterellaceae. Jest to organizm o kształcie pałeczkowatym, który typowo występuje w przewodzie pokarmowym ssaków, w tym ludzi, gdzie stanowi część mikrobioty jelitowej. Wykazuje zdolność fermentacji ograniczonej liczby substratów, co sugeruje jej wyspecjalizowaną niszę metaboliczną i interakcje ze środowiskiem jelitowym.Biologiczne znaczenie P. excrementihominis związane jest z jej udziałem w modulacji metabolizmu żółci i wpływem na skład metabolitów jelitowych. Badania wskazują, że organizm ten może pełnić rolę w regulacji mikroekosystemu jelitowego oraz w utrzymaniu homeostazy gospodarza. Obecność P. excrementihominis koreluje z różnymi aspektami zdrowia przewodu pokarmowego, ale potencjalna rola w patogenezie lub ochronie przed chorobami wymaga dalszych badań. Dzięki swoistej adaptacji do mikrośrodowiska jelitowego, bakteria ta może mieć znaczenie w kontekście precyzyjnych terapii mikrobiotą oraz badań nad mikrobiologicznymi biomarkerami zdrowia.

Sekcja 3: Skład mikrobiomu jelitowego - Typy i Rodziny

Phyllum (Typ)

Nazwa	NCBI ID	Poziom	Zakres referencyjny (%)		Wartość
Bacillota	1239	Wysoki	49.7	60.68	74.28
Bacteroidota	976	Niski	27.56	37.72	22.73
Actinomycetota	201174	Niski	2.01	10.27	1.45
Pseudomonadota	1224	W Normie	0.93	3.43	1.09

Family (Rodzina)

Nazwa	NCBI ID	Poziom	Zakres referencyjny (%)		Wartość
Bacteroidaceae	815	Niski	20.17	32.59	1.53
Lachnospiraceae	186803	Wysoki	15.78	28.49	47.96
Oscillospiraceae	216572	W Normie	16.61	27.23	21.16
Bifidobacteriaceae	31953	W Normie	0.42	5.62	0.43
Rikenellaceae	171550	W Normie	0.49	3.55	1.07
Coriobacteriaceae	84107	W Normie	0.29	3.4	0.45
Enterobacteriaceae	543	Niski	0.24	2.3	0.01
Tannerellaceae	2005525	Wysoki	0.45	2.17	3.13
Lactobacillaceae	33958	Niski	0.04	1.74	0.01
Clostridiaceae	31979	W Normie	0.53	1.62	0.73
Veillonellaceae	31977	Niski	0.05	1.24	0.02
Barnesiellaceae	2005519	W Normie	0.14	1.21	0.86

Class (Klasa)

Nazwa	NCBI ID	Poziom	Zakres referencyjny (%)		Wartość
Clostridia	186801	Wysoki	45.48	59.1	72.87
Bacteroidia	200643	Niski	27.56	37.72	22.74
Actinomycetes	1760	Niski	0.9	5.67	0.68
Coriobacteriia	84998	W Normie	0.66	4.12	0.76
Gammaproteobacteria	1236	Niski	0.24	2.35	0.01
Bacilli	91061	Niski	0.21	2.19	0.04
Negativicutes	909932	W Normie	0.52	1.46	0.58

Order (Rząd)

Nazwa	NCBI ID	Poziom	Zakres referencyjny (%)		Wartość
Bacteroidales	171549	Niski	27.56	37.72	22.74
Eubacteriales	186802	Wysoki	24.49	34.92	72.87
Lachnospirales	3085636	Niski	16.05	28.79	0
Bifidobacteriales	85004	Niski	0.42	5.62	0.42
Coriobacteriales	84999	W Normie	0.31	3.54	0.43
Enterobacterales	91347	Niski	0.26	2.3	0.01
Lactobacillales	186826	Niski	0.18	2.18	0.04
Veillonellales	1843489	Niski	0.05	1.24	0.02

Genus (Rodzaj)

Nazwa	NCBI ID	Poziom	Zakres referencyjny (%)		Wartość
Bacteroides	816	Niski	8.15	17.2	1.03
Phocaeicola	909656	Niski	7.35	16.31	0.6
Faecalibacterium	216851	Wysoki	5.29	15.14	15.75
Blautia	572511	Wysoki	4.66	13.27	18.9
Ruminococcus	1263	Niski	2.1	6.91	1.25
Bifidobacterium	1678	W Normie	0.42	5.62	0.46
Collinsella	102106	W Normie	0.36	3.38	0.48
Alistipes	239759	W Normie	0.47	3.25	1.14
Gemmiger	204475	W Normie	0.4	2.76	1.03
Roseburia	841	Wysoki	0.41	2.42	3.46
Vescimonas	2892396	W Normie	0.06	2.39	1.29
Parabacteroides	375288	Wysoki	0.45	2.17	3.33
Anaerostipes	207244	Wysoki	0.74	1.93	8.28
Escherichia	561	Niski	0.16	1.78	0.01
Agathobacter	1766253	Niski	0.06	1.78	0
Lachnospira	28050	W Normie	0.31	1.64	0.33
Clostridium	1485	W Normie	0.51	1.53	0.74
Dialister	39948	Niski	0.12	1.27	0.01
Dorea	189330	W Normie	0.4	1.09	0.74
Barnesiella	397864	W Normie	0.16	1.05	0.87

Sekcja 4: Identyfikacja i analiza ilościowa organizmów patogenów oraz potencjalnie chorobotwórczych

Bakterie Gram-Dodatnie (możliwa patogenność)

Nazwa	NCBI ID	Poziom	Znalezione organizmy
Staphylococcus	1279	Brak
Corynebacterium	1716	Niski	C. dentalis
Bacillus cereus group	86661	Brak
Streptococcus	1301	Brak
Clostridium	1485	Średni	C. sp., C. sp. ES1, C. sp. Marseille-P7770, C. fessum, C. sp. Marseille-Q5894, C. sp. BMD1, C. sp. Marseille-P2776, C. sp. Marseille-P3244

Bakterie Gram-Ujemne (możliwa patogenność)

Nazwa	NCBI ID	Poziom
Helicobacter	209	Brak
Borrelia	138	Brak
Yersinia	629	Brak
Legionella	445	Brak
Rickettsia	780	Brak
Vibrio	662	Brak
Anaplasma	768	Brak
Listeria	1637	Brak
Pseudomonas	286	Brak
Acinetobacter	469	Brak
Neisseria	482	Brak
Bordetella	517	Brak
Citrobacter	544	Brak
Escherichia	561	Brak
Klebsiella	570	Brak
Morganella	581	Brak
Proteus	583	Brak
Providencia	586	Brak
Serratia	613	Brak
Aeromonas	642	Brak
Plesiomonas	702	Brak
Haemophilus	724	Brak
Porphyromonas	836	Brak

Bezwzględne patogeny Bakteryjne

Nazwa	NCBI ID	Poziom
Brucella	234	Brak
Yersinia pestis	632	Brak
Burkholderia mallei	13373	Brak
Clostridium perfringens	1502	Brak
Legionella pneumophila	446	Brak
Coxiella burnetii	777	Brak
Bacillus anthracis	1392	Brak
Chlamydia trachomatis	813	Brak
Shigella	620	Brak
Mycobacterium tuberculosis	1773	Brak
Campylobacter	194	Brak
Bordetella pertussis	520	Brak
Leptospira	171	Brak
Neisseria gonorrhoeae	485	Brak
Salmonella	590	Brak
Francisella tularensis	263	Brak

Bezwzględne patogeny eukariotyczne

Nazwa	NCBI ID	Poziom
Echinococcus granulosus	6210	Brak
Echinococcus multilocularis	6211	Brak
Taenia solium	6204	Brak
Giardia intestinalis	5741	Brak
Cryptosporidium	5806	Brak
Plasmodium	5820	Brak

Grzyby z gromady Ascomycota (możliwa patogenność)

Nazwa	NCBI ID	Poziom
Aspergillus	5052	Brak
Talaromyces	5094	Brak
Penicillium	5073	Brak
Paecilomyces	33202	Brak
Fusarium	5506	Brak
Trichophyton	5550	Brak
Microsporum	34392	Brak
Nannizzia	1915381	Brak
Epidermophyton	34390	Brak
Histoplasma	5036	Brak
Blastomyces	229219	Brak
Coccidioides	5500	Brak
Paracoccidioides	38946	Brak
Sporothrix	29907	Brak
Pneumocystis	4753	Brak
Candida	5475	Brak
Nakaseomyces	374468	Brak
Pichia	4919	Brak
Clavispora	36910	Brak
Macrorhabdus	349298	Brak
Geotrichum	43987	Brak
Debaryomyces	4958	Brak

Grzyby z gromady Basidiomycota (możliwa patogenność)

Nazwa	NCBI ID	Poziom
Schizophyllum commune	5334	Brak
Malassezia	55193	Brak
Rhodotorula	5533	Brak
Cryptococcus	5206	Brak
Trichosporon	5552	Brak

Grzyby z gromady Mucoromycota (możliwa patogenność)

Nazwa	NCBI ID	Poziom
Rhizopus	4842	Brak
Lichtheimia	688353	Brak
Mucor	4830	Brak

Patogeny jednokomórkowe (Protisty) - Rzęsistki i Powiązane Organizmy

Nazwa	NCBI ID	Poziom
Pentatrichomonas	5727	Brak
Trichomonas	5721	Brak
Dientamoeba	43351	Brak
Histomonas	135587	Brak
Babesia	5864	Brak
Theileria	5873	Brak

Patogeny jednokomórkowe (Protisty) - Różnorodne Protisty Patogenne

Nazwa	NCBI ID	Poziom
Leishmania	5658	Brak
Chilomastix	450634	Brak
Giardia	5740	Brak
Endolimax	110787	Brak
Entamoeba	5758	Brak
Blastocystis	12967	Brak
Balantioides	2038102	Brak

Specjalne Patogeny Bakteryjne (możliwa patogenność)

Nazwa	NCBI ID	Poziom
Francisella	262	Brak
Bartonella	773	Brak
Mycobacterium	1763	Brak
Coxiella	776	Brak
Treponema	157	Brak
Mycoplasmoides	2995234	Brak
Ureaplasma	2129	Brak
Chlamydia	810	Brak

Sekcja 5: Lista Gatunków

Bakterie

Nazwa	Liczba	Procent	Dopasowanie%	Taksonomia
Prevotella marseillensis	2551	15.8	98.02	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacteroidota Class: Bacteroidia Order: Bacteroidales Family: Prevotellaceae Genus: Prevotella Species: Prevotella marseillensis
Faecalibacterium prausnitzii	2216	13.8	98.61	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Oscillospiraceae Genus: Faecalibacterium Species: Faecalibacterium prausnitzii
Anaerostipes hadrus	1210	7.5	98.21	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Anaerostipes Species: Anaerostipes hadrus
Blautia sp.	1098	6.8	97.81	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Blautia Species: Blautia sp.
Blautia faecis	719	4.5	98.0	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Blautia Species: Blautia faecis
Blautia wexlerae	677	4.2	98.13	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Blautia Species: Blautia wexlerae
Butyrivibrio crossotus	515	3.2	98.05	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Butyrivibrio Species: Butyrivibrio crossotus
Lachnospiraceae bacterium MC_36	471	2.9	98.13	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Species: Lachnospiraceae bacterium MC_36
Fusicatenibacter saccharivorans	338	2.1	98.17	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Fusicatenibacter Species: Fusicatenibacter saccharivorans
Parabacteroides distasonis	324	2.0	98.98	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacteroidota Class: Bacteroidia Order: Bacteroidales Family: Tannerellaceae Genus: Parabacteroides Species: Parabacteroides distasonis
Roseburia faecis	322	2.0	98.12	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Roseburia Species: Roseburia faecis
Lachnospiraceae bacterium	303	1.9	97.22	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Species: Lachnospiraceae bacterium
Anthropogastromicrobium aceti	249	1.5	98.08	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Anthropogastromicrobium Species: Anthropogastromicrobium aceti
Coprococcus sp.	239	1.5	97.91	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Coprococcus Species: Coprococcus sp.
Vescimonas fastidiosa	175	1.1	97.98	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Oscillospiraceae Genus: Vescimonas Species: Vescimonas fastidiosa
Parasutterella excrementihominis	174	1.1	99.04	Superkingdom: Bacteria Phylum: Pseudomonadota Class: Betaproteobacteria Order: Burkholderiales Family: Sutterellaceae Genus: Parasutterella Species: Parasutterella excrementihominis
Oscillospiraceae bacterium	160	1.0	97.45	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Oscillospiraceae Species: Oscillospiraceae bacterium
Gemmiger formicilis	148	0.9	98.55	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Genus: Gemmiger Species: Gemmiger formicilis
Blautia luti	143	0.9	98.16	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Blautia Species: Blautia luti
Aristaeella hokkaidonensis	143	0.9	95.51	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Aristaeellaceae Genus: Aristaeella Species: Aristaeella hokkaidonensis
Dysosmobacter sp. MM13	128	0.8	97.67	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Oscillospiraceae Genus: Dysosmobacter Species: Dysosmobacter sp. MM13
Eubacterium sp.	126	0.8	97.84	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Eubacteriaceae Genus: Eubacterium Species: Eubacterium sp.
Barnesiella intestinihominis	125	0.8	98.95	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacteroidota Class: Bacteroidia Order: Bacteroidales Family: Barnesiellaceae Genus: Barnesiella Species: Barnesiella intestinihominis
Holdemanella biformis	104	0.6	99.05	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Erysipelotrichia Order: Erysipelotrichales Family: Erysipelotrichaceae Genus: Holdemanella Species: Holdemanella biformis
Parabacteroides sp. S229	99	0.6	99.31	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacteroidota Class: Bacteroidia Order: Bacteroidales Family: Tannerellaceae Genus: Parabacteroides Species: Parabacteroides sp. S229
Lachnospiraceae bacterium 19gly4	94	0.6	95.56	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Species: Lachnospiraceae bacterium 19gly4
Roseburia inulinivorans	86	0.5	97.86	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Roseburia Species: Roseburia inulinivorans
Phascolarctobacterium sp.	84	0.5	97.86	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Negativicutes Order: Acidaminococcales Family: Acidaminococcaceae Genus: Phascolarctobacterium Species: Phascolarctobacterium sp.
Anaerotignum faecicola	76	0.5	97.86	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Anaerotignum Species: Anaerotignum faecicola
Faecalibacterium sp.	75	0.5	97.83	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Oscillospiraceae Genus: Faecalibacterium Species: Faecalibacterium sp.
Bacteroides uniformis	72	0.4	98.56	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacteroidota Class: Bacteroidia Order: Bacteroidales Family: Bacteroidaceae Genus: Bacteroides Species: Bacteroides uniformis
Collinsella aerofaciens	70	0.4	98.36	Superkingdom: Bacteria Phylum: Actinomycetota Class: Coriobacteriia Order: Coriobacteriales Family: Coriobacteriaceae Genus: Collinsella Species: Collinsella aerofaciens
Paraprevotella clara	65	0.4	97.86	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacteroidota Class: Bacteroidia Order: Bacteroidales Family: Prevotellaceae Genus: Paraprevotella Species: Paraprevotella clara
butyrate-producing bacterium A2-175	65	0.4	97.58	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Species: butyrate-producing bacterium A2-175
Anaerobutyricum hallii	61	0.4	97.35	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Anaerobutyricum Species: Anaerobutyricum hallii
Alistipes communis	60	0.4	98.91	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacteroidota Class: Bacteroidia Order: Bacteroidales Family: Rikenellaceae Genus: Alistipes Species: Alistipes communis
Alistipes senegalensis	60	0.4	97.47	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacteroidota Class: Bacteroidia Order: Bacteroidales Family: Rikenellaceae Genus: Alistipes Species: Alistipes senegalensis Strain: Alistipes senegalensis JC50
Pseudoflavonifractor sp.	59	0.4	96.27	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Oscillospiraceae Genus: Pseudoflavonifractor Species: Pseudoflavonifractor sp.
Agathobaculum butyriciproducens	58	0.4	98.47	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Oscillospiraceae Genus: Agathobaculum Species: Agathobaculum butyriciproducens
Oscillibacter sp.	57	0.4	98.4	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Oscillospiraceae Genus: Oscillibacter Species: Oscillibacter sp.
Dorea sp. Marseille-P3386	56	0.3	98.4	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Dorea Species: Dorea sp. Marseille-P3386
Coprococcus catus	55	0.3	97.79	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Coprococcus Species: Coprococcus catus
Coprococcus comes	54	0.3	97.91	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Coprococcus Species: Coprococcus comes Strain: Coprococcus comes ATCC 27758
Clostridiales bacterium	53	0.3	95.48	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Species: Clostridiales bacterium
Roseburia sp. 1120	53	0.3	97.97	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Roseburia Species: Roseburia sp. 1120
Ruminococcus bromii	52	0.3	98.6	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Oscillospiraceae Genus: Ruminococcus Species: Ruminococcus bromii
Phocaeicola dorei	51	0.3	98.95	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacteroidota Class: Bacteroidia Order: Bacteroidales Family: Bacteroidaceae Genus: Phocaeicola Species: Phocaeicola dorei
Parabacteroides johnsonii	51	0.3	98.65	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacteroidota Class: Bacteroidia Order: Bacteroidales Family: Tannerellaceae Genus: Parabacteroides Species: Parabacteroides johnsonii
Ruminococcus callidus	50	0.3	98.59	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Oscillospiraceae Genus: Ruminococcus Species: Ruminococcus callidus
[Bacteroides] pectinophilus	49	0.3	97.93	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Species: [Bacteroides] pectinophilus
Gallintestinimicrobium propionicum	49	0.3	98.12	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Gallintestinimicrobium Species: Gallintestinimicrobium propionicum
[Eubacterium] siraeum	44	0.3	98.32	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Oscillospiraceae Species: [Eubacterium] siraeum
Ellagibacter isourolithinifaciens	44	0.3	98.02	Superkingdom: Bacteria Phylum: Actinomycetota Class: Coriobacteriia Order: Eggerthellales Family: Eggerthellaceae Genus: Ellagibacter Species: Ellagibacter isourolithinifaciens
Ruminococcus sp. K-1	41	0.3	96.64	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Oscillospiraceae Genus: Ruminococcus Species: Ruminococcus sp. K-1
Corynebacterium dentalis	41	0.3	98.23	Superkingdom: Bacteria Phylum: Actinomycetota Class: Actinomycetes Order: Mycobacteriales Family: Corynebacteriaceae Genus: Corynebacterium Species: Corynebacterium dentalis
Eubacterium ramulus	41	0.3	98.47	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Eubacteriaceae Genus: Eubacterium Species: Eubacterium ramulus
[Ruminococcus] lactaris	40	0.2	98.5	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Mediterraneibacter Species: [Ruminococcus] lactaris
Fusicatenibacter sp. CLA-AA-H213	40	0.2	98.39	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Fusicatenibacter Species: Fusicatenibacter sp. CLA-AA-H213
Lachnospira eligens	39	0.2	97.75	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Lachnospira Species: Lachnospira eligens
Blautia provencensis	39	0.2	96.77	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Blautia Species: Blautia provencensis
Blautia obeum	38	0.2	97.47	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Blautia Species: Blautia obeum
Dorea longicatena	36	0.2	97.69	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Dorea Species: Dorea longicatena
Phocaeicola vulgatus	36	0.2	98.48	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacteroidota Class: Bacteroidia Order: Bacteroidales Family: Bacteroidaceae Genus: Phocaeicola Species: Phocaeicola vulgatus
Clostridium sp.	36	0.2	97.7	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Clostridiaceae Genus: Clostridium Species: Clostridium sp.
Cuneatibacter sp.	35	0.2	96.49	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Cuneatibacter Species: Cuneatibacter sp.
Clostridium sp. ES1	35	0.2	96.89	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Clostridiaceae Genus: Clostridium Species: Clostridium sp. ES1
Bifidobacterium adolescentis	34	0.2	98.34	Superkingdom: Bacteria Phylum: Actinomycetota Class: Actinomycetes Order: Bifidobacteriales Family: Bifidobacteriaceae Genus: Bifidobacterium Species: Bifidobacterium adolescentis
Neglectibacter sp.	33	0.2	98.78	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Oscillospiraceae Genus: Neglectibacter Species: Neglectibacter sp.
Victivallis lenta	29	0.2	99.07	Superkingdom: Bacteria Phylum: Lentisphaerota Class: Lentisphaeria Order: Victivallales Family: Victivallaceae Genus: Victivallis Species: Victivallis lenta
Lachnospiraceae bacterium DJF_VP18k1	28	0.2	96.15	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Species: Lachnospiraceae bacterium DJF_VP18k1
Clostridiales bacterium oral taxon F32	26	0.2	95.45	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Species: Clostridiales bacterium oral taxon F32
Parablautia sp. Marseille-Q6255	26	0.2	95.69	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Parablautia Species: Parablautia sp. Marseille-Q6255
Anaerobium sp.	25	0.2	96.28	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Anaerobium Species: Anaerobium sp.
Ruminococcus sp. Marseille-P328	25	0.2	97.02	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Oscillospiraceae Genus: Ruminococcus Species: Ruminococcus sp. Marseille-P328
butyrate-producing bacterium A2-207	23	0.1	98.12	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Species: butyrate-producing bacterium A2-207
Bacteroides caccae	23	0.1	99.08	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacteroidota Class: Bacteroidia Order: Bacteroidales Family: Bacteroidaceae Genus: Bacteroides Species: Bacteroides caccae
Alistipes shahii	23	0.1	99.2	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacteroidota Class: Bacteroidia Order: Bacteroidales Family: Rikenellaceae Genus: Alistipes Species: Alistipes shahii
Blautia sp. Marseille-P2398	22	0.1	97.17	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Blautia Species: Blautia sp. Marseille-P2398
Bacteroides faecis	22	0.1	99.21	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacteroidota Class: Bacteroidia Order: Bacteroidales Family: Bacteroidaceae Genus: Bacteroides Species: Bacteroides faecis
Eubacterium ventriosum	22	0.1	98.16	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Eubacteriaceae Genus: Eubacterium Species: Eubacterium ventriosum
Lacrimispora sphenoides	22	0.1	95.19	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Lacrimispora Species: Lacrimispora sphenoides
Clostridium sp. Marseille-P7770	20	0.1	97.58	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Clostridiaceae Genus: Clostridium Species: Clostridium sp. Marseille-P7770
Bifidobacterium longum	19	0.1	98.72	Superkingdom: Bacteria Phylum: Actinomycetota Class: Actinomycetes Order: Bifidobacteriales Family: Bifidobacteriaceae Genus: Bifidobacterium Species: Bifidobacterium longum
Colidextribacter massiliensis	18	0.1	96.88	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Genus: Colidextribacter Species: Colidextribacter massiliensis
Roseburia intestinalis	18	0.1	97.18	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Roseburia Species: Roseburia intestinalis
Bacteroides stercoris	18	0.1	99.23	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacteroidota Class: Bacteroidia Order: Bacteroidales Family: Bacteroidaceae Genus: Bacteroides Species: Bacteroides stercoris
Roseburia hominis	17	0.1	97.64	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Roseburia Species: Roseburia hominis
Marseillibacter massiliensis	17	0.1	98.53	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Oscillospiraceae Genus: Marseillibacter Species: Marseillibacter massiliensis
Blautia intestinalis	17	0.1	97.39	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Blautia Species: Blautia intestinalis
Vescimonas coprocola	14	0.1	96.57	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Oscillospiraceae Genus: Vescimonas Species: Vescimonas coprocola
[Clostridium] nexile	14	0.1	95.75	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Tyzzerella Species: [Clostridium] nexile
Oscillibacter sp. G2	14	0.1	98.2	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Oscillospiraceae Genus: Oscillibacter Species: Oscillibacter sp. G2
Bifidobacterium faecale	14	0.1	98.13	Superkingdom: Bacteria Phylum: Actinomycetota Class: Actinomycetes Order: Bifidobacteriales Family: Bifidobacteriaceae Genus: Bifidobacterium Species: Bifidobacterium faecale
[Eubacterium] rectale	13	0.1	97.6	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Species: [Eubacterium] rectale
Lachnospiraceae bacterium DJF_VR44	13	0.1	97.7	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Species: Lachnospiraceae bacterium DJF_VR44
Dorea formicigenerans	12	0.1	98.81	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Lachnospiraceae Genus: Dorea Species: Dorea formicigenerans
bacterium enrichment culture clone M137	12	0.1	96.41	Superkingdom: Bacteria Species: bacterium enrichment culture clone M137
Acetivibrio alkalicellulosi	12	0.1	96.43	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Family: Oscillospiraceae Genus: Acetivibrio Species: Acetivibrio alkalicellulosi
Howardella ureilytica	12	0.1	98.21	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Clostridia Order: Eubacteriales Genus: Howardella Species: Howardella ureilytica
Faecalibacillus faecis	12	0.1	99.11	Superkingdom: Bacteria Phylum: Bacillota Class: Erysipelotrichia Order: Erysipelotrichales Family: Erysipelotrichaceae Genus: Faecalibacillus Species: Faecalibacillus faecis
Inne	472	2.9

Organizmy Eukariotyczne

Nazwa	Liczba	Procent	Dopasowanie%	Taksonomia
Brassica rapa	17	48.6	99.23	Superkingdom: Eukaryota Kingdom: Viridiplantae Phylum: Streptophyta Subphylum: Streptophytina Class: Magnoliopsida Order: Brassicales Family: Brassicaceae Tribe: Brassiceae Genus: Brassica Species: Brassica rapa Subspecies: Brassica rapa subsp. pekinensis
Spinacia oleracea	16	45.7	99.49	Superkingdom: Eukaryota Kingdom: Viridiplantae Phylum: Streptophyta Subphylum: Streptophytina Class: Magnoliopsida Order: Caryophyllales Family: Chenopodiaceae Subfamily: Chenopodioideae Tribe: Anserineae Genus: Spinacia Species: Spinacia oleracea
Inne	2	5.7

Sekcja 6: SPARK - biomSCAN. METODA BADANIA

Platforma Oxford Nanopore: metoda wykorzystuje połączenie technologii amplifikacji PCR i sekwencjonowania 'long reads'.
Autorskie Primery: własne sondy molekularne (primery) rozpoznające ponad 50 000 gatunków.
Wysoka Jakość Sekwencjonowania: Średni Q-score (współczynnik jakości sekwencjonowania) wynosi 17,5 co oznacza błąd sekwencjonowania na poziomie mniejszym niż 0.02%.
Czułość i Specyficzność Testu: Test charakteryzuje się wysoką czułością i specyficznością, co gwarantuje dokładne i wiarygodne wyniki, nawet przy niskich poziomach obecności mikroorganizmów.
Algorytmy Bioinformatyczne na Bazie BLAST: Test opiera się na algorytmach bioinformatycznych wykorzystujących najdokładniejszy model analizy BLAST (Basic Local Alignment Search Tool).
Referencyjne Bazy Danych Sekwencji: test wykorzystuje sekwencje referencyjne z renomowanych baz danych: NCBI (National Center for Biotechnology Information), SILVA (comprehensive database of quality checked and aligned ribosomal RNA sequence data), oraz PR2 (Protist Ribosomal Reference database).
Precyzja Wyników: Minimalna zgodność sekwencji z sekwencjami referencyjnymi wynosi 95%, oznacza to, że na każde 1000 nukleotydów, minimum 950 jest identyczne z wzorcem.
Wynik badania nie pozwala wykluczyć obecności patogenów, które znajdują się poniżej poziomu wykrywalności danej metody badawczej, lub które nie są wykrywalne przy użyciu tej metody.

SPARK TECH Sp. z o.o.

sparkbiom.pl